2024年12月13日，浙江省教育厅办公室公布2024年浙江省研究生联合培养基地认定结果，研究院申报的浙江工业大学-德清县人民政府研究生联合培养基地认定为浙江省研究生联合培养基地。

在研究生培养方面，莫干山研究院始终坚持以产业需求为导向，注重培养研究生的实践能力和创新精神。通过整合高水平学科资源、构建产学研协同创新平台，研究院和合作企业为研究生提供了丰富的实践机会和科研项目，提供在实践中不断锻炼和提升的机会。同时，研究院采取联合培养双导师制度，聘请校内导师作为学生的第一导师，聘请企业的专业技术人才或管理专家作为学生的第二导师，共同指导研究生专业实践与学位论文研究。